为加强组织领导工作，国务院成立第五次全国经济普查领导小组，普查领导小组由国务院领导同志任组长，成员单位包括国务院办公厅、国家统计局、国家发展改革委、中央宣传部、中央政法委、中央编办、民政部、财政部、税务总局、市场监管总局等部门。

国务院第五次全国经济普查领导小组办公室设在国家统计局，负责普查的具体组织实施和协调，各成员单位按照各自职能，各负其责、通力协作、密切配合、信息共享。地方各级人民政府设立相应的普查领导小组及其办公室，负责组织本地区普查实施工作。充分发挥街道办事处和居民委员会、乡镇人民政府和村民委员会的作用，广泛动员和组织社会力量积极参与做好普查工作。