办公室
    负责党务、政务工作。做好党组织建设及机关、市直医疗卫生单位的日常党务、党群、群团组织工作；综合协调机关政务及重要事项的督促查办；负责综合文稿、文电、机要、保密、宣传、信息、档案、计划生育、信访、综合治理、接待、车辆管理、安全保卫、后勤及局机关的资产管理等工作；组织机关政治学习。协调各科室工作，掌握各科室工作进度；互通情报，上传下达。

人事劳动科
    负责卫生事业单位的人事、机构编制管理工作；负责卫生系统干部职工的人事管理，人员调配，劳动工资；负责卫生系统高级知识分子的管理和学科带头人的选拔、培养工作；负责卫生专业学校毕业生就业指导工作；负责卫生系统专业技术人员职称晋升和资格认定工作；负责全系统的认识档案管理和机关人员的社会保险管理工作；负责全系统离退休人员的服务管理工作、老干部的政治待遇和生活待遇的落实、工资调整等工作。

财务审计科
    负责研究提出全市卫生事业发展的规划，指导区域卫生规划工作；统筹规划与协调全市卫生资源配置；负责卫生系统的财务管理及业务指导，分配财务预算资金及财务收支决算和全市卫生统计工作；监督管理医疗卫生单位的医疗服务价格及国有资产；负责医疗卫生单位的计划财务、基建、大型医疗设备的管理和内部审计，指导全市医疗卫生单位的审计工作；负责有关财经政策的落实；协调国内外卫生贷款的利用工作。

疾病控制科（卫生监督法制科）
    负责监督管理食品、保健品、人妆品、环境、学校、职业、放射卫生及传染病防治和消毒工作；负责卫生行政复议和对卫生执法的督察；对全市卫生监督监测工作进行指导；负责各项监督监测报表、数据收集汇总和上报，卫生许可证和执业许可证的审察、上报、批准；负责受理投诉举报，开展卫生法律法规知识的宣传教育的培训工作。
    负责制订全市传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的预防和防治规划；组织对全市重大传染病、地主病和社区主要慢性非法传染性疾病的综合防治;负责组织调度全市卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延；负责组织相关业务人员培训和教育，开展疾病预防的具体卫生宣传工作。

基层卫生与妇幼保健科
    负责拟定全市农村卫生、社区卫生服务的开展规划和服务标准，指导初级卫生保健规划的实施。开展城市基层卫生服务体系改革；负责监督实施有关妇女儿童保健和提高人中素质工作的发展规划、政策措施和技术标医疗医疗准；监督母婴保健事项技术的实施，统筹协调健康教育工作。

医政科（中医科）
    负责全市医疗机构改革。拟定医疗机构的发展规划、区域医疗机构设置规划、管理规章、服务标准、医疗员执业标准；制订全市临床医学重点专科建设规划；依法医疗机构、执业医师执业情况进行监督管理；负责社会办医和医疗广告审核；监督医疗机构的医疗质量和服务质量，处理医疗纠纷；依法监督管理血站的采供血及临床用血质量；协助市政府和有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护。同时，负责组织实施全市中医医疗、保健、康复、护理及临床用药等方面的管理规范和技术标准，管理各类中医、中西医结合机构，对其他医疗机构的中医业务进行指导；监督中医执业的医疗质量和服务质量；组织中医科研课题协作攻关、中医药科技成果的推广。

保健科
    负责全市行政和企事业单位所有离休干部和老红军的医疗保健和医疗费统管，以及市保健委员会确定的领导干部和高级知识分子的医疗保健工作；负责全市所有离休干部和老红军的健康指导，医疗费收缴和使用等。