交通局机关内设办公室、人事劳动科、计划科、工程管理科、科技教育科、财务科、路政运输安全科、政策法规科、机关党委等9个职能科室和纪检监察室，下设交通战备办公室、公路管理局、地方海事局、交通规费征稽处、道路运输管理处、地方道路管理处、交通行政执法支队、航务处、交通驾驶员培训学校、公路车站派出所、交通勘察设计室、交通基本建设质量监督站等12个事业单位，共有行政事业工作人员1000余人。