办公室
    协助局领导组织协调机关工作，贯彻执行局机关各项规章制度，负责文秘、保密、档案、保卫、计划生育工作；承办机关党总支日常工作；负责环保系统党风廉政建设工作；组织实施全市环境保护宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护；承办环境保护表彰工作；承担市环境保护委员会办公室的日常工作。

开发监督科
    执行国家和省政府开发建设活动环境保护管理政策、法规和标准；负责全市建设项目的环境管理工作；负责对市管建设项目环境违法案件的调查并提出处理意见；监督管理全市自然保护区、风景名胜区环境保护工作；指导和监督生态破坏恢复整治、荒漠化防治等工作；指导全市生态示范区建设和生态农业建设；负责对重大生态环境违法事件的调查处理。

法制监督科
    指导、协调全市环境保护法制建设；组织开展环境保护执法检查；组织环境保护行政处罚；参与重大环境违法案件的调查与处理。承办有关行政复议、应诉工作。

综合计划科
    拟定全市环境保护中长期规划和年度计划；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编制全市环境状况公报、环境统计年报；组织发布全市环境质量状况；负责全市环境保护系统国际交流和对外经济合作工作；贯彻执行国家和省政府环境保护科技政策和环境保护标准；负责编制环境保护科技发展规划和计划；组织协调环境保护科学研究和技术引进；管理环境保护科技成果 ；负责污染防治工程设计、施工管理资格审查认证协调工作；指导和推动环境保护产业发展。

污染控制科
    组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放、危险废物经营许可、有毒化学品进出口登记等环境管理制度；组织编制和监督实施全市环境功能区划；负责编制全市污染物排放总量控制及削减计划；全市污染防治规划并组织实施；负责监督全市饮用水源保护工作；负责全市辐射环境、放射性废物管理工作。

人事财务科
    负责局机关及下设单位人事和机构编制管理工作；组织参加全省环境保护系统岗位培训和继续教育工作；负责离退休干部管理工作；管理环境保护基本建设投资、环境综合整治资金和业务活动补助经费；负责机关财务工作；负责对下设机构财务监督管理和《会计法》执行审计；负责乡镇环保治理资金监督管理；负责向省环保局报告年度排污费执行情况。